Teorija se u svakodnevnom govoru često pogrešno koristi. Kada se priča o znanosti, postoji razlika između teorije i hipoteze. Hipoteza je znanstvena tvrdnja (pretpostavka) o tome da postoji neka neovisna varijabla koja utječe na drugu, ovisnu varijablu. Istraživanjima je potrebno dokazati korelaciju među varijablama kako bi se hipoteza mogla prihvatiti. Ako ne postoji dokazi o zadovoljavajućem utjecaju neovisne varijable na ovisnu, hipoteza se odbacuje.
Hipoteze se dokazuju (ili odbacuju) primjenom različitih općih metoda (analiza, sinteza, modeliranje).
Ako se eksperimentima potvrdi hipoteza može se smatrati teorijom ili zakonom prirode. Hipoteze koje su potrvđene eksperimentima i koje su postale teorije ili činjenice su: Teorija velikog praska (nastanak svemira), Teorija evolucije (razvoj živih bića), Opća teorija relativnosti, Kinetička teorija plinova (opisuje plin kao veliki broj mikroskopskih čestic), Stanična teorija (živa bića sastoje se od stanica).
Ukoliko pokusi ne potvrde hipotezu, ona mora biti odbačena ili se mora mijenjati.
Uvijek postoji mogućnost da će nova promatranja ili novi eksperimenti doći u sukob s dugogodišnjom teorijom, a ona će se potom promijeniti na način da uključi i nove spoznaje. Tako funkcionira znanost. S druge strane pseudoznanost, poput astrologije, svoje hipoteze ne mijenja unatoč mjerenjima. I to je odlika pseudoznanosti.