Dana 3. maja 1992. pripadnici Jugoslavenske narodne armije (JNA), policije i srpskih paravojnih formacija, preuzeli su kontrolu nad Dobojem. Bošnjacima i Hrvatima je uveden policijski sat. Ograničeno im je kretanje. Maltretiranja, ubijanja, silovanja, te druge vrste zločina i nehumanih radnji postala su obrazac ponašanja nad nesrpskim življem od strane pripadnika raznih paravojski. Crvene beretke, Beli orlovi i policijska jedinica Milana Martića koja je u Doboj stigla polovinom maja iz Hrvatske, bile su neke od paramilitarnih formacija koje su u tom momentu vladale gradom. Za njima nisu zaostajali ni Predini vukovi – vojnici dobojskog dobrovoljačkog odreda Predraga Kujundžića. Ali ni pripadnici Specijalnog odreda Centra službi bezbjednosti (CSB) predvođeni Zdravkom Samardžijom i Ljubanom Ećimom, kao ni skupina bivših vojnika pod zapovjedništvom Nikole Jorgića zvanog Jorga.
Činjenice utvrđene u predmetu protiv ratnog ministra policije Republike Srpske Miće Stanišića i bivšeg načelnika CSB Banjaluka Stojana Župljanina navode da je preko hiljadu civila nesrpske etnije od 2. maja do 11. decembra 1992. bilo zatvoreno i pušteno iz Centralnog zatvora u gradu na rijeci Bosni. Civili su prvobitno dovođeni u Centar službi bezbjednosti. Tukli su ih pripadnici Crvenih beretki. Ponekad su prisiljavali i druge Srbe koji su se nalazili u CSB-u da im se u premlaćivanju pridruže. Nakon toga, logoraše su odvodili u Centralni zatvor. Nesrbi, koji su dovođeni u zatvor, bili su bez ikakvih papira i u civilnoj odjeći. Tu su bili izloženi maltretiranjima. Paravojnici su upadali u noćnim satima. Tukli zatočenike. Uprava niti je mogla spriječiti upade vojnika, niti je mogla preduzeti bilo kakve radnje u svrhu kažnjavanja.
Osim CSB-a i Centralnog zatvora, srpske su vlasti na području Doboja osnovale više zatočeničkih centara. Prema publikaciji „Logori i druga mjesta zatočenja za vrijeme rata u BiH 1992-1996, I dio“ u izdavaštvu TPOS/CDTP, neka od mjesta zatočenja bila su: magacini Vojne ekonomije „3 maj“ u naselju Bare, krug fabrike „Energoinvesta“ u selu Kožuhe, Perčin disko u naselju Vila, vojni hangari na Usori, Srednjoškolski centar, dvorište Doma kulture i Osnovna škola u Kostajnici, privatne kuće u selu Grapska, Osnovna škola u selu Rosulje, hangar planinarskog doma na Ozrenu, Rudnik uglja Stanari, napuštena kuća na Putnikovom brdu, Omladinski dom u Donjem Pridjelu, Rukometni stadion, kasarna JNA u selu Ševarlije, Zemljoradnička zadruga u selu Majevac, radni logor u Kotorskom, šupa u Tumarama, Opšta bolnica, kasarna JNA „4. juli“ na Miljkovcu.
Situacija kojoj je nesrpsko stanovništvo bilo izloženo u Doboju, na osnovu predmeta koji se vodio protiv bivšeg predsjednika Narodne skupštine Republike Srpske Momčila Krajišnika, uslovila je njihovom brzom odlasku iz tog grada.
Suđenja za ratne zločine počinjene na području Doboja tokom devedesetih godina vođena su, a neka su i dalje u toku, pred više domaćih i stranih sudova. Njemački sud je Nikolu Jorgića osudio 1997. na doživotnu kaznu zatvora za genocid, ubistva i kidnapovanje na području Doboja. Preminuo je 2014. godine. Haški tribunal oglasio je krivim bivše šefove Službe državne bezbjednosti (SDB) Srbije Jovicu Stanišića i Franka Simatovića za nehumana djela, prisilno premještanje i progon kao zločine protiv čovječnosti počinjene u vezi zauzimanja Bijeljine, Doboja i Sanskog Mosta. Viši sud u Beogradu je 2020. osudio pripadnika paravojne formacije Nebojšu Stojanovića na osam godina zatvora za krivično djelo ratni zločin protiv ratnih zarobljenika.
U Bosni i Hercegovini sudilo se, a nekima se još uvijek sudi za ratne zločine u Doboju. Udruženje za društvena istraživanja i komunikacije (UDIK) dokumentovalo je u dvije publikacije predmete Suda Bosne i Hercegovine, Okružnog suda u Doboju i Vrhovnog suda Republike Srpske. Prva publikacija donosi predmete državnog suda koji je osudio Miodraga Markovića, Predraga Kujundžića i Slobodana Karagića na kazne zatvora od šest do sedamnaest godina. Đorđe Simić je 2018. oslobođen optužbe za zločin protiv čovječnosti počinjen u mjestu Ševarlije kod Doboja.
Pred državnim sudom se od aprila 2016. vodio postupak protiv Borislava Paravca, Andrije Bjeloševića i Milana Savića za učešće u udruženom zločinačkom poduhvatu i progonu bošnjačkih i hrvatskih civila s područja Doboja i Teslića. Presudom iz 2024. koju je kasnije potvrdilo Apelaciono vijeće Paravac, Bjelošević i Savić su oslobođeni optužbi za ubistva, nezakonita zatvaranja, prisilno preseljenje bošnjačkog i hrvatskog stanovništva, napade na civile i naselja, prisilne nestanke, fizičko zlostavljanje, mučenje, pljačkanje i uništavanje vjerskih objekata.
Druga publikacija donosi presude Okružnog suda u Doboju koji je vodio više predmeta, a koji su kasnije drugostepeno vođeni pred Vrhovnim sudom Republike Srpske. Pred dobojskim sudom je završeno sedam suđenja gdje su donesene tri oslobađajuće i četiri osuđujuće presude. Tri bivša pripadnika Vojske Republike Srpske (VRS) oslobođena su optužbi za zločine u Doboju, a to su: Branko Milanović, Marko Poletan i Vojin Lukić. Pet osoba je osuđeno na kazne od jedne do osam godina, a to su: Branislav Ninković, Milovan Peulić, Miladin Stević, Staniša Miljanović i Vojislav Brestovac. Ova publikacija donosi i listu 219 ekshumiranih identificiranih osoba sa područja Doboja, kao i listu 137 osoba za kojima se još uvijek traga, a koje su nestale na području Doboja. Podaci su dobijeni od Instituta za nestale osobe BiH.
Kao i sve ostale UDIK-ove publikacije iz edicije „Ratni zločini – transkripti presuda sudova u Bosni i Hercegovini“, ove dvije publikacije imaju za cilj dokumentovanje sudski utvrđenih činjenica o ratnim zločinima počinjenim u Bosni i Hercegovini u periodu od 1992. do 1995. godine. Jer samo kroz sudske fakte i relevantne informacije možemo postići istinsko suočavanje s prošlošću što je temelj za gradnju bolje budućnosti u našoj zemlji. Pamtimo sve ratne žrtve Doboja.